復旦大學出版社成立于1981年,2001年,與上海醫科大學出版社兩社合并,成立新的復旦大學出版社,下轄二級社復旦大學電子音像出版社。出版社下設編輯部、發行部、出版部、行政部、財務部、對外合作部、法務部,另有電子音像出版社、經世圖文制作公司、經世書局、21世紀大學英語發行責任公司等獨立核算機構。編輯部下設人文、科技三個編輯室和經管、外語、醫學三個分社。
復旦大學出版社現有員工130多人,年出版新書500余種,重印書600余種。復旦大學出版社一直堅持高水準一流教材與原創性學術著作的出版理念,強調出版社尤其是大學出版社應該承擔起主體出版的重任,堅持大學出版為大學教學與科研服務的宗旨,強化學術出版功能,為繁榮學術和優秀文化的傳承做出貢獻。